Dna polimerasi

Avevamo cominciato a guardare la replicazione. Fondamentalmente questo vecchio schema (vedi sopra) come base rimane valido.

Incominciamo a vedere tutte le proteine che partecipano alla duplicazione e alla replicazione del DNA. Questa è una tabella generale sulla replicazione del DNA. Si basa sugli studi su E.coli. Man mano che vengono trovate le stesse attività,proteine ecc. nei procarioti e anche nei virus vengono battezzati con nomi nuovi (il prof consiglia di guardare la funzione di base delle proteine perché i nomi di battesimo sono estremamente variabili - nds). Fatta questa premessa vedete che ci sono delle proteine che servono per l'impacchettamento,l'addensamento,il condensamento del DNA e riguardano l'apertura o la chiusura o il mantenimento della struttura del DNA. Esse sono T4 e gp32 (prodotto genico 32) che serve a legare il singolo filamento di DNA, quindi fa parte di quel gruppo di proteine che vengono collettivamente chiamate SSB (Single-strand binding protein). La proteina T4 è così chiamata perché è stata trovata nel T4 che è un fago. Per la condensazione del DNA ci sono gli istoni, proteina istone simile HU, per lo srotolamento (untwisting) c'è l'elicasi che è l'enzima che scinde la doppia elica. Come elicasi che è l'enzima che scinde la doppia elica ci sono la proteina REP e la proteina dnB. Per l'untwisting (superavvolgimento) c'è la topoisomerasi I e direi anche la topoisomerasi II, cioè le topoisomerasi in genere servono per l'untwisting. Il twisting invece è dovuto alla girasi che è una protoisomerasi II; in realtà entrambe tolgono e aggiungono degli avvolgimenti e dei superavvolgimenti. Poi l'organizzazione sopramolecolare dei cromosomi è data dalla proteina dello scaffold. L'impacchettamento del DNA spermatico è dovuto alla protammina che è una poliammina. L'impacchettamento del virus DNA è dovuto alle proteine del nucleo e del capside. Per quanto riguarda la replicazione. La ricombinazione e la riparazione la fase d'inizio è a carico della proteina Dna A che serve a stabilizzare il melting del DNA, cioè quando le due catene si dissociano la proteina serve a tenerle separate o a farle separare proprio all'inizio della replicazione. La proteina Dna B che è anch'essa all'inizio della catena e ha attività elicasica serve a dissociare i due filamenti di DNA. Quindi separa i due filamenti e la polimerasi comincia a polimerizzare cioè avanza. La formazione del primer è a carico di una primasi. La polimerizzazione vera e propria del DNA è dovuta alla polimerasi III;un'altra polimerasi è la λ integrasi impegnata soprattutto nei i processi di riaparazione e ricombinazione. Per la polimerizzazione del DNA non esiste solo la polimerasi III perché ce ne sono addirittura cinque di cui le principali coinvolte nella replicazione sono la III e la I, mentre la II nei processi di riparazione e di ricombinazione così come la IV e la V. per quanto riguarda la scissione delle basi, è dovuta alle nucleasi che possono essere endo e eso . Endo quando sono all'interno di una sequenza di DNA e eso quando sono all'estremità di una sequenza di DNA. Le nucleasi staccano un nucleotide per volta all'estremità 5' o 3'.

Cominciamo a vedere quali di queste proteine sono coinvolte nella replicazione o duplicazione del DNA.

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