Introduzione alla bioinformatica: Appunti sui programmi bioinformatici. Le ricerche in banca dati mediante parole chiave. Esercizi. SRS (50 pagine formato doc)

VOTO: 6 Appunto inviato da elisa27

Una buona conoscenza di base della Biologia Molecolare è fondamentale per comprendere e utilizzare al meglio gli strumenti che la Bioinformatica mette a disposizione della nostra attività di ricerca. Compito della Bioinformatica è archiviare i dati sopra citati, con tutte le informazioni ad essi correlate, in apposite ‘Banche Dati’ in modo da potervi accedere con opportuni programmi di interrogazione (retrieval). La consultazione di una banca dati consiste quindi nel formulare una richiesta volta a selezionare un insieme di voci (entries) della stessa che soddisfino i nostri criteri di selezione (query). Ad esempio possiamo essere interessati a tutte le proteine codificate dal genoma umano (criterio 1), più lunghe di 1,000 amino acidi (criterio 2) e che contengano uno specifico dominio catalitico (criterio 3), quindi in questo esempio i tre criteri riportati saranno combinati per intersezione. I sistemi di retrieval consentono appunto di effettuare queries combinando diversi criteri tra loro utilizzando una serie di operatori logici quali intersezione (AND), unione (OR) o esclusione (BUT NOT) Lo sviluppo della Bioinformatica negli ultimi anni è stato affiancato da un enorme sviluppo della rete internet (o world wide web). Lo sviluppo della rete internet ha reso possibile la ‘globalizzazione’ delle informazioni. È sufficiente avere un computer connesso alla rete per accedere, da una qualunque località, a tutte le informazioni archiviate in qualunque altro computer in rete sulla terra. Gli indirizzi internet sopra riportati (noti come URL o uniform resource locators) consentono l’accesso, utilizzando un Browser come Netscape o Internet Explorer a documenti elettronici attraverso il protocollo http (HyperText Transfer Protocol). La maggior parte delle risorse bioinformatiche, sia banche dati che programmi di analisi, sono disponibili ai ricercatori - normalmente in forma gratuita - sulla rete internet. Continua »

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