Dopo che Innoncenzo III riconfermò la sua elezione a Re di Puglia e di Sicilia, su consiglio dello stesso Papa, Federico sposò Costanza d'Aragona, di dieci anni più grande di lui. Costanza gli dette un figlio maschio, Enrico, assicurandogli così la successione al trono.
Nel 1212, dopo essersi fatto incoronare Imperatore del Sacro Romano Impero col nome di FEDERICO II, pensò opportuno andare a mettere ordine nella sua terra di Germania, opponendosi all'Imperatore Ottone di Brunwick , caduto in disgrazia di Innocenzo III.
A soli 20 anni (nel 1214) sconfisse il Re di Francia Filippo II Augusto e Giovanni Senzaterra , Re di Inghilterra; nel 1215 conquistò Aquisgrana dove si fece incoronare Re di Germania, giurando di intraprendere una crociata per liberare Gerusalemme dal Saladino. Intanto nel 1216 morì il suo tutore, il Papa Innoncenzo III, a cui successe Onorio III (Cencio Savelli) che era stato anche uno dei suoi maestri. Non volendo rinunciare al Regno di Puglia e di Sicilia , delle cui terre era particolarmente innamorato, Federico lasciò il governo della Germania a suo figlio Enrico e ritornò in Italia, dove nel novembre del 1220 , presente il suo fedelissimo Ermanno Von Saltza , Gran Maestro dei Cavalieri Teutonici, si fece incoronare Imperatore del Sacro Romano Impero nella Basilica di San Pietro da Onorio III .
Alla Corte di Federico
Nella sua Corte, specchio del mondo, accolse i fedeli saraceni con i turbanti e le scimitarre, per dimostrare che l'Impero varcava i confini delle razze e delle fedi; si circondò di matematici come il Fibonacci e astronomi, musici e poeti, medici e legislatori, canonisti e filosofi.
In questo periodo emano' gli editti di Capua , sorsero la Scuola poetica siciliana e l' Università di Napoli (1224), vero centro culturale europeo; si dettarono nuovi regolamenti per la Scuola medica salernitana, elevandola ad Accademia ed istituendovi la prima cattedra di Anatomia.
Alla sua corte accolse anche i poeti e i minnesanger (poeti e trovatori) Tedeschi e Albigesi, che fuggivano dalla Provenza (Francia) perchè perseguitati come eretici dal Papa.
La Corte di Palermo costituì così uno straordinario centro culturale e scientifico come non se ne ebbero per secoli. Federico amò particolarmente la terra di Puglia chiamandola "pupilla dei nostri occhi" , e in questa terra fece costruire o rimaneggiare un gran numero castelli (circa 200).
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