Sotto Carlo V, i regni iberici avevano costituito il nucleo politico, militare e finanziario dell'Impero asburgico , ma con Filippo II l'elemento spagnolo, e precisamente quello castigliano, acquistò un peso ancor maggiore. Il nuovo re stabilì la sede della monarchia al centro della penisola iberica, nella cittadina di Madrid , facendola diventare capitale.
Un tratto distintivo del governo di Filippo II fu la forte accentuazione dell'assolutismo, si confermò, infatti, una robusta burocrazia centrale, alle dipendenze del re; i quadri della burocrazia erano reclutati tra la piccola nobiltà e i letratos, ovvero i ceti urbani acculturati. Ai vertici dello stato si trovavano organi specializzati, i consigli, che curavano gli interessi generali del regno e che definivano le linee generali per il governo dei singoli territori sottoposti alla monarchia spagnola, cui dovevano ispirarsi i governatori e i viceré che vi erano inviati.
Per ottenerne consenso e collaborazione, la monarchia fece molte onorificenze e di prebende per i gruppi dirigenti locali e concedette loro una certa autonomia nella gestione del potere sul territorio, in cambio della fedeltà agli interessi mondiali della Castiglia, della Spagna e del Cattolicesimo.
L'adesione al cattolicesimo controriformistico rappresentò l'altra caratteristica saliente dell'assolutismo di Filippo II. La difesa dell'ortodossia cattolica contro gli eretici e gli infedeli divenne infatti, un fattore essenziale del controllo assolutistico sugli immensi territori sottomessi alla monarchia iberica, e la religione venne usata da Filippo come mezzo per affermare l'autorità monarchica.
Filippo si avvalse del tribunale dell'inquisizione spagnola per assicurarsi l'uniformità religiosa dei sudditi, sradicando il protestantesimo (principalmente con centinaia di roghi ) e reprimendo quei dissensi religiosi che avrebbero provocato l'indebolimento dello stato, come già accaduto in Francia. Il re s'impegnò a difendere il carattere nazionale della chiesa spagnola e il proprio diritto a intervenire nella nomina dei vescovi.
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