La qualità di un alimento dipende da diversi fattori, come il suo contenuto di principi nutritivi, i suoi caratteri organolettici, ma soprattutto l'idoneità ai requisiti igienico-sanitari e tossicologici. Il consumo di alimenti, infatti, determina talvolta l'insorgenza di malattie nell'uomo, poiché i cibi possono essere contagiati da sostanze estranee durante i processi di trasformazione o di conservazione degli alimenti.

Gli elementi pericolosi diffusi nei cibi possono essere di natura biologica (batteri, virus, prioni, muffe, ecc), chimica (additivi, residui di farmaci, contaminanti ambientali, ecc) e fisica (corpi estranei come frammenti di attrezzature, macchinari, ecc).

In particolare le malattie causate dall'ingestione di un alimento contaminato da un microrganismo patogeno o da tossine da esso prodotte vengono definite tossinfezioni alimentari. Le cause di contaminazione dei cibi sono molteplici. E' possibile che l'agente patogeno sia presente nell'animale vivo e quindi si ritrovi nei suoi derivati (contaminazione diretta). In alcuni casi, invece, la contaminazione può essere indiretta, avviene cioè in fase di produzione, come ad esempio attraverso il contatto di parti "sporche" dell'animale (intestino) con i prodotti di lavorazione (carne). Anche la mancanza di igiene e di buone prassi di lavorazione da parte degli operatori è una causa frequente di contaminazione dei cibi dato che molti microrganismi pericolosi si possono ritrovare sulle mani oppure si annidano nello sporco degli ambienti qualora questo non sia stato adeguatamente rimosso (contaminazione crociata).

Inoltre, una scorretta modalità di preparazione di un cibo può condizionare la sua sicurezza, come ad esempio un mancato procedimento di cottura adeguato a distruggere i microrganismi o la mancata refrigerazione delle materie prime che eviti lo sviluppo eccessivo degli stessi.

Per limitare l'insorgenza di malattie alimentari risulta fondamentale adottare norme di prevenzione come le buone pratiche di produzione e la corretta informazione al consumatore.